shell_exec()能否运行成功取决于很多方面，如果运行的命令是需要root权限的，那是不可能在PHP中运行成功的。
如果在shell下能运行成功，那是因为你在以root身份在运行。

php 是可以运行 wkhtmltopdf 的，之前用过。
wkhtmltopdf 也属于root用户组，并且具有权限的呢。