两个网站，删除其中一个不影响另一个的。
如果会影响，可能是网站根目录设置成一样的了。

就是恢复后出现了两个一模一样的网站，我删除其中一个，另外一个的数据也不见了，但域名还在，提示没有php运行池，我重新部署之后发现内容全部清空了，郁闷还会出现这种情况

请问这种情况还能找回数据么

这种文件被删除和你用命令删除文件后的恢复方式是一样的。
可具体百度下：linux 文件误删除