您好,
1 php的配置都有全局配置和php-fpm 运行池配置, 如果php-fpm运行池中有配置, 将会覆盖全局配置.
您说的open-basedir 配置可以在网站管理中的站点配置中配置.将会覆盖全局配置. 改配置和在什么配置文件中写是无关的. nextcloud 不大可能只识别user.ini配置.
2 网站管理不支持手动编辑配置源文件, 手动编辑后就是会出现配置不一致, 并且部署后覆盖.这是产品在设计的时候硬性规定. 目前在考虑是否去掉这个限制. 谢谢您的反馈.
您如果虚假要添加env环境变量, 请到网站管理->站点配置->php配置中添加.
3 appnode的文件在线编辑器的收索功能是指哪里? 可以截图提供下吗?

nextcloud是不是只识别.user.ini不得而知，现在的问题是，nextcloud会自动检测是否存在.user.ini文件以及.user.ini文件的完整性，而我根据网上其他网友的解答（包括appnode论坛）进行创建该文件并配置后依然无效，所以只能怀疑是否因为该文件是由于人工创建而非系统自动生成而导致的问题。因为.user.ini文件一般用于防跨站攻击以及设置程序允许访问的文件夹，也就是open-basedir。
但appnode将相应配置写入了php-*.conf文件，并未生成.user.ini，所以nextcloud会报错，并且无法访问位于程序所在目录以外的其他目录。必须关闭防跨站才可以访问到。这一点在appnode论坛其他网友的帖子中有说明
参考：https://bbs.appnode.com/thread-887.htm

再一个问题就是无法在站点配置以及运行池配置中修改php环境变量，cgi环境变量是针对nginx的，所以设置后并未起到相应的作用。而nextcloud会检测php环境变量。同样的，参照上述链接修改后无效，只能修改配置源文件，但该文件会在部署后还原，这就很尶尬了/。

关于在线编辑器的问题，意思是，在浏览器appnode文件管理中打开文件，文件比较长，我需要使用ctrl+F进行搜索特定关键字，但搜索结果只显示当前编辑窗口中显示出来的部分，比如我现在需要在php配置源文件中修改环境变量，搜索关键字env，但搜索不到，但在197行却是存在env关键字的。

关于上述问题，都是在配置nextcloud中发现的，建议您安装下nextcloud，就能重现故障点，这样也方便您排除故障。谢谢

另外，在安装时请将数据目录设置为程序安装目录之外的目录，比如程序安装在/wwwroot，数据目录设置为/home，这样能够更方便的排除跨站问题。

您好, 谢谢您的反馈. 我们将会实际测试后回复您.

在站点目录下(www) 目录下 新建一个.user.ini, 内容为
upload_max_filesize=511M
post_max_size=511M
memory_limit=512M
mbstring.func_overload=0
always_populate_raw_post_data=-1
default_charset='UTF-8'
output_buffering=0

小鱼儿 在站点目录下(www) 目录下 新建一个.user.ini, 内容为 upload_max_filesize=511M post_max_size=511M memory_limit=512M ...

这个方案你们测试有用？，我之前试过，不行。
另外，假定这样做有用，那么防跨站着一块怎么搞？
关闭防跨站之后，程序所有的文件夹都能够访问，会给整个服务器带来安全隐患。假如在appnode中开启防跨站，并将数据目录加入白名单，那么nextcloud依旧无法访问数据目录。

小鱼儿 在站点目录下(www) 目录下 新建一个.user.ini, 内容为 upload_max_filesize=511M post_max_size=511M memory_limit=512M ...

另外，环境变量的问题依旧未能解决。